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Pathogene molekulare Signalwege bei zirrhotischen Lebererkrankungen wie dem Hepatitis-C-Virus (HCV), der Autoimmunhepatitis (AIH) und der primären biliären Zirrhose (PBC) sind nur unzureichend charakterisiert.Differenziell exprimierte Gene sind oft wichtig für die Pathogenese von Krankheiten.Suppression Subtractive Hybridization (SSH) ist ein genomweiter Ansatz, der differenziell exprimierte mRNA-Transkripte anreichert.Unser Ziel war es, mithilfe von SSH in Kombination mit quantitativer Echtzeit-Reverse-Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion (RT-PCR) neuartige Beobachtungen der differentiellen Genexpression bei Leberzirrhose zu machen.Lebertranskriptome bei HCV-Zirrhose, AIH-Zirrhose, PBC und nicht erkranktem Lebergewebe wurden mittels SSH untersucht.Die resultierenden komplementären DNA-Klone (cDNA-Klone) wurden durch Dot-Blot-Hybridisierung erneut auf unterschiedliche Expression untersucht und anschließend sequenziert.Die ausgewählte Genexpression wurde durch Echtzeit-RT-PCR quantifiziert.Nach der SSH wurden 694 Klone erneut auf unterschiedliche Genexpression untersucht, von denen 145 sequenziert wurden und sich herausstellte, dass sie von 89 verschiedenen Genen stammten.Sieben Klone waren nur mit EST-Sequenzen (Expressed Sequence Tag) homolog, die für Gene ohne bekannte Funktion kodierten.Die hochregulierte Expression von vier Genen wurde durch Echtzeit-RT-PCR bestätigt: Mitglied der Transmembran-4-Superfamilie 3 (Tetraspanin CO-029) bei allen Formen der Zirrhose, Hedgehog Interacting Protein (HIP) bei AIH-Zirrhose und Chitinase 3-like-1 (HC gp-39 oder ykl-40) und Arginin-Glutaminsäure-Repeat (RERE) bei HCV-Zirrhose.In allen untersuchten Geweben wurden RERE-Genpolymorphismen und Spleißvarianten beobachtet.Die Hochregulierung von Tetraspanin CO-029 war hauptsächlich auf Gallengangszellen beschränkt.Zusammenfassend lässt sich sagen, dass mithilfe von SSH als primärem Entdeckungsinstrument neuartige Beobachtungen der unterschiedlichen Genexpression bei menschlicher Leberzirrhose gemacht wurden.Insbesondere sind weitere Studien zum RERE-Gen und seinen Produkten bei HCV-assoziierten Lebererkrankungen erforderlich.