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Wir haben kürzlich berichtet, dass Pyrennukleotide durch Hefe-DNA-Polymerase eta (pol eta) bevorzugt gegenüber einer abasischen Stelle, dem 3'-T eines Thymin-Dimers und den meisten unbeschädigten Basen eingefügt werden.Da es sich bei Pyren um ein unpolares Molekül ohne H-Brückenbindungsfähigkeit handelt, werden die ungewöhnlich hohen Effizienzen der dPMP-Insertion auf seine überlegene Fähigkeit zur Basenstapelung zurückgeführt und unterstreichen die Bedeutung der Basenstapelung bei der Auswahl von Nukleotiden durch Pol-Eta.Um die Rolle der H-Brückenbindung und der Basenpaargeometrie bei der Auswahl von Nukleotiden durch Pol-Eta zu untersuchen, haben wir die Insertionseffizienzen der basenmodifizierten Nukleotide 2,6-Diaminopurin, 2-Aminopurin, 6-Chlorpurin und Inosin bestimmt Knüpfen Sie je nach Basenpaargeometrie eine unterschiedliche Anzahl von H-Bindungen mit der Matrizenbasis.Die Watson-Crick-Basenpaarung scheint eine wichtige Rolle bei der Auswahl von Nukleotidanaloga für die Insertion gegenüber C und T zu spielen, was durch die Abnahme der relativen Insertionseffizienzen mit einer Abnahme der Anzahl von Watson-Crick-H-Brücken und einer Zunahme von belegt wird die Anzahl der Donor-Donor- und Akzeptor-Akzeptor-Wechselwirkungen.Die Selektivität der Nukleotidinsertion ist gegenüber dem 5'-T größer als gegenüber dem 3'-T des Thymin-Dimers, in Übereinstimmung mit früheren Arbeiten, die darauf hindeuten, dass das 5'-T starrer gehalten wird als das 3'-T.Darüber hinaus scheint die Insertion von A gegenüber beiden Ts des Dimers durch Watson-Crick-Basenpaarung und nicht durch Hoogsteen-Basenpaarung vermittelt zu werden, basierend auf den nahezu identischen Insertionseffizienzen von A und 7-Deaza-A, wobei letzteres kein H- Bindungsfähigkeit bei N7.Die relativen Effizienzen für die Insertion von Nukleotiden, die Watson-Crick-Basenpaare bilden können, entsprechen denen des Klenow-Fragments, wohingegen das Klenow-Fragment aufgrund seiner größeren Formselektivität stärker gegen Fehlpaarungen unterscheidet.Diese Ergebnisse unterstreichen die Bedeutung der H-Brücke und der Watson-Crick-Basenpaargeometrie bei der Auswahl von Nukleotiden sowohl durch Pol-Eta als auch durch das Klenow-Fragment sowie die geringere Rolle der Formauswahl bei der Insertion durch Pol-Eta, da diese offener und weniger stark ausgeprägt sind eingeschränktes aktives Zentrum.