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Die Membrantopologie der Colicin-E1-Kanaldomäne wurde durch Fluoreszenzresonanzenergietransfer (FRET) untersucht.Der FRET umfasste eine genetisch kodierte fluoreszierende Aminosäure (Cumarin) als Donor und einen selektiv markierten Cysteinrest, der mit DABMI (4-(Dimethylamino)phenylazophenyl-4'-maleimid) als FRET-Akzeptor verbunden war.Der fluoreszierende Cumarinrest wurde über ein orthogonales tRNA/Aminoacyl-tRNA-Synthetase-Paar in das Protein eingebaut, das den selektiven Einbau an jeder Stelle innerhalb der Colicin-Kanaldomäne ermöglichte.Jede Variante enthielt eine Stop-Mutation (TAG) für den Cumarin-Einbau und eine Cystein-Mutation (TGT) für die DABMI-Anlagerung.Sechs interhelikale Abstände innerhalb der Helices 1–6 wurden mithilfe der FRET-Analyse sowohl für den löslichen als auch für den membrangebundenen Zustand bestimmt.Die FRET-Daten zeigten große Veränderungen in den interhelikalen Abständen zwischen den Helices 3–6 bei der Membranassoziation und lieferten neue Einblicke in die membrangebundene Struktur der Kanaldomäne.Im Allgemeinen nahmen die interhelikalen Effizienzen des Cumarin-DABMI-FRET bei der Membranbindung ab, was auf dem Schirmmodell für den Colicin-Kanal aufbaut.Basierend auf aktuellen und zuvor veröffentlichten FRET-Daten wurde ein vorläufiges Modell für den geschlossenen Zustand der Kanaldomäne entwickelt.Das Modell legt eine kreisförmige Anordnung der Helices 1–7 im Uhrzeigersinn von der extrazellulären Seite und eine Membrangrenzflächenassoziation der Helices 1, 6, 7 und 10 um die zentrale Transmembranhaarnadel, die durch die Helices 8 und 9 gebildet wird, nahe.